Los primeros registros encontrados del apellido Manonelles se remontan al siglo XIII, concretamente al 1284. Distribuyéndose por las localidades de Xátiva, Gandía y Valencia. En esta zona se cree que se dedicaron al comercio, más bien artesanos en la elaboración de espadas de gran calidad. Otros, los que provenían de la nobleza fueron aguerridos caballeros dedicándose al noble arte de la guerra.

Su origen podría deberse al nombre propio Manonel (Manuel en castellano antiguo), que era muy común en la región valenciana en aquella época. El sufijo «-es» indica que se trata de un apellido patronímico, es decir, que se deriva del nombre del padre. En este caso, Manonelles significa «hijo de Manonel». Algunos expertos sugieren que «mano» podría hacer referencia a la destreza manual o habilidad en algún oficio, mientras que «nella» podría ser una variante de «nobleza» o «noble». De esta manera, el apellido Manonelles podría significar «noble con habilidad manual».

Durante la Edad Media, debido al aumento de la población en las ciudades, los apellidos comenzaron a utilizarse como una forma de identificación y distinción entre las personas. Los apellidos patronímicos, como Manonelles, eran especialmente comunes, ya que permitían identificar a una persona por su relación con su padre.